La première mention écrite de l'actuelle propriété de la brasserie située au 27/29 Oberen Stephansberg remonte à 1387. Les livres de copiage de St. Stephan, nous apprennent qu’en 1387 le bâtiment était déjà la propriété d’une brasserie du nom de "Eberlein Breu". Une datation a permis de dater les caves situées sous le débit de boissons de la brasserie Schlenkerla au XIIème siècle. La propriété de la Dominikanerstraße 6 qui abrite désormais le restaurant de la brasserie est mentionnée pour la première fois en 1405 dans un document sous le nom de "Haus zum blauen Löwen" (maison au lion bleu en allemand). La présence de brasseurs dans le bâtiment est attestée en 1485 et en 1538. En 1678, après la guerre de Trente Ans, le 6 de la Dominikanerstraße s'appelle désormais "Brauerei zum blauen Löwen" (brasserie du Lion bleu en allemand). En 1767, Johann Wolfgang Heller, est le propriétaire de la brasserie. La brasserie porte le nom de "Brauerei Heller". La famille Heller dirigera la brasserie Heller pendant six générations. En 1866, Konrad Graser, dirige la brasserie Heller. Son fils Andreas Graser était surnommé « Schlenkerla » car il claudiquait à la suite d’un accident. Ce dernier donnera le surnom de « Schlenkerla » à la brasserie Heller. Après la Première Guerre mondiale, l’Allemagne connaît une importante crise économique qui entraîne une forte baisse de la consommation de bière. Par conséquent, en 1920, la cave à bière Schlenkerla au Oberen Stephansberg est fermée. En 1936, la brasserie construit un nouveau bâtiment pour la salle de brassage sur une partie de l'ancien « Biergarten » du Oberen Stephansberg. Après la deuxième guerre mondiale, la brasserie Schlenkerla profite des 30 années de croissance économique et de l’augmentation du niveau de vie pour moderniser la brasserie et acquérir les locaux de la Dominikanerklause qui abritent actuellement le restaurant de la brasserie. Elle acquiert également le bâtiment du Dominikanerstraße qui abritait la brasserie au XVIème siècle pour y stocker sa fameuse bière fumée. La visite de la brasserie Schlenkerla est devenu une étape incontournable lors de la visite de la ville de Bamberg classée au patrimoine mondial de l’UNESCO depuis 1993.